В соответствии с Федеральным законом от 06.04.2011 N 63-ФЗ "Об электронной подписи" при электронном взаимодействии с помощью квалифицированной ЭП представитель юридического лица должен применять квалифицированный сертификат для физического лица. Одновременно ему нужно представлять машиночитаемую доверенность (МЧД), которую выдала организация в электронной форме.
МЧД можно бесплатно создать в сервисе ФНС.
Усиленную квалифицированную ЭП представителю-физлицу выдаст любой аккредитованный центр. Их перечень есть на сайте Минцифры.